Questo fondamentale aspetto era già presente nella L. n. 104/92, dove all'art 13 comma 1 lett. "a" si prevede che i Comuni stipulino accordi di programma con le ASL e l'Amministrazione scolastica per realizzare il coordinamento dei servizi e dei progetti riabilitativo, di socializzazione ed educativo finalizzati all'integrazione scolastica. Il principio fondamentale degli accordi di programma è ulteriormente sviluppato dalla L.n. 328/00 nell'art. 19, dove si prevede che i Piani di Zona, che comprendono la programmazione di tutti i servizi in rete resi da enti pubblici, privati e del privato sociale,vanno approvati con accordi di programma. A tali accordi, in forza del DPR n. 275/99 sull'autonomia scolastica, possono partecipare anche le  istituzioni scolastiche   autonome, singolarmente o in rete. Siccome agli accordi di programma occorre portare anche risorse finanziarie, la nota ministeriale
della Direzione Generale per i servizi nel territorio del Ministero dell'Istruzione , firmata dal Dir. Gen. dr. Silvana Riccio,  in data 30 Aprile 2002 ha assegnato alle Direzioni scolastiche regionali numerosi finanziamenti per migliorare la qualità dell'integrazione scolastica , con priorità di assegnazione, proprio a quelle scuole che si mettono in rete per la creazione  o il potenziamento di centri di documentazione, risorse e consulenza didattica per l'integrazione degli alunni con handicap. Inoltre la L.n. 328/00 prevede che ogni soggetto erogatore di servizi deve adottare una "Carta dei Servizi" in cui sono indicate le regole di funzionamento che permettono la valutazione di qualità del servizio medesimo. Come si vede lavoro per le scuole autonome ce n'è tanto ed i docenti debbono aggiornarsi, coi fondi di prossima erogazione, per poterlo compiere al meglio.